Con tan solo 105 estudiantes, el Excelentísimo Monseñor Rubén Salazar, antiguo Arzobispo de Barranquilla, junto con el padre Leonardo Rodríguez Berrocal, y la Comisión Arquidiocesana deciden nombrar rectora de la Institución a la Licenciada Mirtha Santamaría Mestre, mujer luchadora, quien desde sus inicios hasta la actualidad ha liderado el programa plan Padrino Arquidiocesano.

El Centro Educativo Arquidiocesano San Pedro Apóstol, desde 1993 solo contaba con los niveles de pre-escolar y básico primaria. A partir del 2004, el colegio abre sus puertas y pone en marcha la básica secundaria iniciando con el grado sexto, luego en el 2005 con el grado séptimo, en el 2006 con octavo y en el 2009 con el grado noveno.